从1960年开始，我国内贸海运集装箱恢复运转，主要是采用小型箱开展客班轮的捎带运输业务。1996年底，由于外贸政策的调整、国际集装箱发展过热及运力过剩、运输结构变化等原因，内贸水路集装箱运输发展迎来了难得的机遇。到1995年，全国主要港口完成内贸集装箱吞吐量已达16万箱、货重51t，其中5吨箱13万个，主要分布在上海、广州、大连、温州和海口等港口。

1996年12月，上海港龙吴港务公司开通了中国第一条内贸标准集装箱班轮航线（上海-厦门）；1997年海口青年实业公司经调查研究设计构筑了以上海为枢纽、长江下游、南北沿海T字型水路内贸集装箱运输网络，并与山东通达公司、深圳大洋公司联合开通了上海至蛇口、海口、广州的南方航线。上海至南通、江阴、南京的长江下游航线及上海至青岛、天津的北方航线。1997年4月，中海集团投入一艘614标箱全集装箱船“林园”轮，开辟了广州蛇口、厦门、上海航航线，开通南北沿海全集装箱班轮航线，标志着沿海内贸集装箱运输进入一个新的发展时期。1997年5月19日，册东泛连公司又开通了青岛、上海、广州内贸集装箱航线；1998年12日，中海集团投入1008标箱“向平”轮运营内贸航线，标志内贸箱航线进入千标箱时代。

       内贸水路集装箱运输发展阶段
       从1996年开始，20ft和40ft国际标准集装箱开始在我国水路内贸集装箱运输业务上得到广泛应用，以海口南青和中海为先导的不少船公司纷纷开辟国内水路内贸集装箱运输航线，众多国内企业也通过采用水路内贸集装箱运输的方式来替代传统的件杂货和公路运输方式而获得了良好的经济效益。交通部于1996年初颁布了“国内水路集装箱货物运输规则”，并于1997年召开了第二次水路集装箱运输工作会议，对我国水路内贸集装箱运输的发展起到了积极的引导和推动作用。从20世纪末到21世纪初，我国水路内贸集装箱运输得到了快速的发展，到2007年，全国开展内贸集装箱装卸业务的港口企业已近60个，遍布沿海、长江和珠江内河区域，全国港口内贸集装箱吞吐量从1999年的263.6万TEU发展到2007年的2578.7万TEU，年均增长率达到33%；全国沿海港口内贸集装箱吞吐量从1999年的185.8万TEU发展到2007年的2255.9万TEU，年均增长率达到37%，超过了全国港口外贸集装箱吞吐量年均增长率。从数据可以看出，沿海港口一直是我国内贸集装箱发展的主要力量。我国内河港口内贸集装箱的发展在初期阶段略滞后于沿海。从1999年到2003年，内河港口内贸集装箱吞吐量处于徘徊不前的态势；2003年以后，内河港口内贸集装箱得到了飞速的发展，年均增长率达到了44.6%。长江沿线部分主要港口如南京、张家港、重庆等其内贸集装箱吞吐量已经占到了全港的一半左右，扬州、江阴和太仓等港内贸箱占全港的比重更是超过了70%。

2002-2010年船运公司诸子百家时代： 

2002-2010年国内先后有安盛船务（2002）、中谷新良（2002）、烟海集箱（2003）、洋浦中良（2004）、和易海运（2004）、烟台海运（2005）、信风海运（2005）、东方海运（2005）、合德物流（2005）、阳光速航（2009）、港泰海运（2009）、海南泛洋（2009）、大新华物流（2009）等船公司成立。除中海、中远和南青牢牢占据住五强席位外，其他船公司相互争夺剩余两强之位，年年都进行更新换代。这一时期，无论市场运力如何调整，前五家公司始终占据着80%的市场份额。由于正值内贸箱航线高速发展期，即使出现2008年金融危机，南青也牢牢把控着前三的位置。但同时也由于金融危机的出现，其他资本以及老牌民营航运企业借用前期的资本积累，开始冲击“诸子百家”的格局。

安通、中谷、中远海（泛亚）三足鼎立（2016年至今）

安通控股和中谷海运都是2002年成立，经过十年资本积累，借着金融危机和欧债危机势头，抄底航运市场，迅速完成内贸船舶大型化。2016年中远中海合并，由新泛亚统一经营两家公司的内贸航线，2017年新泛亚引入复星等股东增资扩股，实现了国资、民资与员工出资的紧密融合；2016年安通控股借壳上市，中谷物流挂牌新三板后退市，三足鼎立之势从此确认。2013年至2018年，安通控股牢牢把握着探花和榜眼的位置，但2019年安通控股危机造成局部收缩，中谷物流顺势登上榜眼之位。破产、并购、整合活动仍然在持续重塑内贸集运行业，经过重组后的市场幸存者将面临对价格和客户把控的难题，三足鼎立格局或将成为内贸集运行业新的挑战。

40年海运行业的发展变化巨大，船队规模的发展速度前所未有。改革开放初期，我国船队规模只有1600多万吨，现在已经达到约2.57亿吨。港口能力的发展速度前所未有。改革开放初期，全国万吨级以上泊位只有133个，现在万吨级以上泊位已达2366个。内河航运的发展速度前所未有。改革开放初期，我国内河港口没有万吨级泊位，现在有418个，全国内河航道通航里程约12.7万公里，内河船平均吨位成倍增加。水运科技的发展速度前所未有。深水码头建设、巨型复杂河口航道整治技术等达到国际先进水平，集装箱自动化码头装卸技术取得突破性进展，大型集装箱港口机械研发与制造走在世界前列。看起来这些数字呈现的是发展速度的变化，其中也体现了水运行业发展的质量和水平。